在柔性版印刷中，网纹辊的网穴难免被墨皮、纸张涂料或纸毛或其他污垢等所堵塞，影响印刷的质量及网纹辊的正常使用，就必须及时清洗。有7种方法，但应注意的要点相同，即既要重清洗效果，又要避免对网纹辊的损伤。
一、化学清洗法
以烧碱溶液把堵塞在网纹辊网穴中的墨皮等溶解，接着以高压喷水冲洗。清洗时，把网纹辊置于一封闭的槽内，边转动，边以热碱液冲淋，然后以高压喷水清洗，最后以压缩空气吹干。其间，碱液及清水均分别回收，并过滤处理。此法的优点是对网纹辊的损伤小，而清洗效果好，尤其是对每英寸1000线以上的细网穴也能冲洗干净。
二、喷“砂”法
以压缩空气把“砂”粒喷向网纹辊从而把墨皮等污垢从网穴中赶出来。“砂”并非真的砂粒，而是选硬度低于网纹辊表面的细小微粒物质，依靠压缩空气从喷枪中喷向转动中的网纹辊。操作中要掌握以下要点：喷枪与网纹辊保持一定的距离，而且垂直，(不可偏斜，否则易损坏网穴壁) ，喷枪的移动速度与网纹辊的转动速度要控制适当而且保持稳定。喷“砂”的压力也要控制适当并恒定，偏轻则清洗效果差，偏重易损坏网纹辊。故此法不适宜日常使用，只适于间隔式使用。
三、烘干苏打粉法
类似法二，但采用特别配制好的烘干苏打粉作为喷“砂”，无毒害而性又柔和，不易损害网纹辊，去污效果好。喷时的空气压力勿超过40psi。此种方法不仅有专门的服务站提供，也可在公司内部尤其是在大型柔性版印刷印刷机上自己进行。
四、低温法
利用液体二氧化碳制成的干冰粒子作为喷质，在80～100psi的气压下以喷枪喷向网纹辊。此法的优点是对环保有利，缺点是干冰的粒子通常大于0.04英寸，对200线以下的网穴就不易喷入。
五、喷塑料微粒法
此法常被宣传为对陶瓷网纹辊无磨损的方法，与其他喷射法相似，有封闭的槽把网纹辊放入转动，而喷枪按一定距离、角度与速度移动。如用聚乙烯微粒，喷射压力大约掌握在60 psi。塑料粒子带软性，但边缘很锐利，当喷到网穴表面时，就会弹出来，网穴内的污垢就被带出来，然后通过一个空气冲洗室把塑料微粒与所带出来的污垢分离开来，塑料微粒又可循环再用。此法的最新发展已适用到YAG激光雕刻的每英寸1000～1500线的网纹辊清洗中。
六、超声波清洗
适用于高精细的激光雕刻陶瓷网纹辊清洗，现有专门的服务站，也可有由印刷厂自行操作。但此法的操作应视网纹辊的大小、网纹的特性及清洗设备的设计特性，有较大的区别对待。例如网纹越细，网穴壁就越薄，超声处理的时间就不可过长。
由于水基油墨的特性，很多超声波清洗商采取一种预浸泡的办法，使网穴内干结的墨渣软化，然后再进行超声波处理，预浸泡的时间往往占到整个清洗时间的80－90％。预浸泡液是特配的，PH很高，有助于墨渣软化，超声波处理时的声波水平就可降低并达到清洗效果，而又不致于损坏网穴。
在超声波清洗中小心平衡以下因素很重要：
超声的力直接影响空穴作用的强弱，关于其高低水平的推荐今昔已有很大出入，因为以往多为狭幅网纹辊只须部分浸入，而现在有宽幅网纹辊，超声波清洗时需要用大槽把它完全浸没，因此超声波的强弱也就作大的变动。
超声波的频率与空穴作用的强弱成倒比关系。频率增加时，气泡尺寸缩小，强度也减弱。一般来说，40千赫(每秒40000周)作为最低水准，使气泡大小适合进入网穴去污，但并非绝对，需视设备的具体情况而异。
清洗液的温度对空穴作用的强弱有很大影响。温度高使清洗液的粘度降低而强度上升，故对清洗效果有利。一般温度宜在华氏120～140度之间。对特定的设备用特定的清洗液。(如激光雕刻陶瓷网纹辊)，其清洗时温度也应根据清洗设备制造商所推荐的掌握好。
清洗时间也很关键，时间过长会损伤网纹辊的表面涂料或网穴。采用预浸泡法再进行超声波清洗时最好不超过5分钟，但也并非绝对。
七、激光清洗
最新的一种方法，通过特殊镜头的激光射向网纹辊，既能使油墨、胶粘剂、蜡、有机硅等残留物气化，而又不损害网纹辊。
